📚 محتويات المقال
مملكة Pseudomonadati البكتيريا البروتينية
هذه المملكة تقع داخل النطاق Bacteria، وتضم شعبة Pseudomonadota (المعروفة سابقًا بـ Proteobacteria).تضم البكتيريا ثنائية الغشاء (Diderms) مثل Pseudomonas ؛حيث تمتلك غشاءً داخلياً وغشاءً خارجياً إضافياً يغطي طبقة رقيقة من الببتيدوجليكان وهي تشمل أنواعًا مثل Escherichia, Salmonella, Pseudomonas وغيرها.
العمارة البيولوجية الأضخم في عالم البكتيريا ماذا تعنى بالعربي وضحه بدقة
ماذا تعني كلمة "مملكة Pseudomonadati"؟
بالعربي: مملكة الـ "بسودوموناداتي" (أو البكتيريا الـپروتوبلازمية/المتقلبة في ثوبها الجديد).الشرح الدقيق: كلمة Pseudo باللاتيني تعني "كاذب"، وmonas تعني "وحيدة الخلية". قديماً كانت تُطلق على جنس بكتيري شهير اسمه Pseudomonas.
 |
| بكتريا ايشرشيا كولاى |
2. متى وكيف تغير؟
تغير هذا النظام رسمياً عبر مرحلتين أساسيتين لوضع معايير علمية دقيقة لعام 2026:المرحلة الأولى (2021-2022): قرر الاتحاد الدولي للجمعيات الميكروبيولوجية تغيير أسماء الشعب لتنتهي باللاحقة "-ota". فتحول اسم شعبة Proteobacteria إلى Pseudomonadota.
المرحلة الثانية (أكتوبر 2024): وهي التغيير الأهم؛ حيث قامت "المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى" (ICNP) بإدخال رتبة المملكة (Kingdom) رسمياً في تصنيف البكتيريا.
تم استبدال مسمى "البكتيريا الحقيقية" العام بممالك محددة وراثياً.
أصبحت بكتيريا "نتروزوموناس" تتبع مملكة تسمى Pseudomonadati.
لذلك تكون البكتريا الاكثر شهرة فى هذه المملكة كما يلي بالضبط، في النظام التصنيفي المعتمد لعام 2026، تنضم كل من نيتروباكتر وإيشيريشيا كولاي (E. coli) إلى نفس المملكة التي تضم نتروزوموناس، وهي مملكة Pseudomonadati (بسودوموناداتي).
ماذا نعني بـ "العمارة البيولوجية" (Biological Architecture)؟
الشرح الدقيق: هنا إحنا بنشبه الخلية البكتيرية بـ "المبنى الهندسي". البكتيريا دي مبيجمعهاش إنها بتعيش في نفس المكان، ولا إنها بتاكل نفس الأكل (شفنا واحدة في التربة وواحدة في الأمعاء). أمال إيه اللي جمعهم في مملكة واحدة؟ الهندسة التصميمية للجداركلهم مبنيين بنفس الطريقة الهندسية: ثنائي الغشاء (Diderm). يعني المبنى الخلوي بتاعهم فيه:
الجدار الخلوي يتكون من
- سور داخلي (غشاء بلازمي).
- ممر وسطاني (فراغ بيريبلازمي فيه طبقة ببتيدوجليكان رقيقة).
- سور خارجي مسلح غشاء خارجي غني بالليبيد عديد السكاريد(ليبوبوليسكاريد) (LPS).
خصائصها أكثر تحديدًا:
صبغة جرام: معظمها سالبة الجرام (Gram-negative) (تصبغ باللون الأحمر/الوردي).شكل الخلية: غالبًا عصوية أو مكورة، مع تنوع في الأشكال.
الأيض: لاهوائية اختيارية أو هوائية؛ كثير منها قادر على استخدام مصادر غذائية متنوعة جدًا.
التنوع الوظيفي: يشمل أنواعًا متعايشة (مثل E. coli الطبيعية في الأمعاء) وأنواعًا ممرضة (مثل Salmonella و Shigella).
التنوع البيئي: تتميز بقدرتها العالية على التكيف مع البيئات المختلفة.
3. ماذا نعني بـ "الأضخم في عالم البكتيريا"؟
الشرح الدقيق: دي حقيقة رقمية وبيولوجية؛ الشعب الموجوده داخل هذه المملكة (Pseudomonadota) هي أكبر وأكثر المجموعات البكتيرية تنوعاً وعدداً على كوكب الأرض حيث تضم أكتر من 30% من أنواع البكتيريا المعروفة للبشرية.التنوع الوظيفي داخلها مرعب: فمنها اللذي يثبت النيتروجين، والذي يقوم بالبناء الضوئي، والذي يصنع خل، والذي بيسبب أمراض زي السالمونيلا والكوليرا، والذي يعيش في أمعاءك. فكلمة "الأضخم" تعني الأكثر عدداً، والأوسع انتشاراً، والأعلى تنوعاً جينياً.
الخلاصة في دقيقة:
"عندما نقول (مملكة Pseudomonadati: العمارة البيولوجية الأضخم)، بنقصد إننا نتحدث عن أكبر عيلة بكتيرية في الدنيا، العلماء جمعوهم مع بعض في بيت واحد لأن خلاياهم مبنية بنفس المخطط الهندسي (غشاء مزدوج وسالبة الجرام)، رغم إن كل واحدة فيهم له وظيفة مختلف تماماً في الطبيعة"
الأهمية الطبية والبيئية:
- بعض الأنواع تسبب أمراضًا خطيرة.
- بعضها يُستخدم في الصناعة الحيوية (إنتاج بروتينات، إنزيمات).
- لها دور في دورات النيتروجين والكربون في البيئة.
- تشمل أنواع مقاومة للمضادات الحيوية مثل Pseudomonas aeruginosa.
- لها دور في البيئة (تحليل الملوثات) والصناعة الحيوية.
الأهمية البيولوجية: هي المجموعة الأكثر تنوعاً وتمتلك قدرات أيضية هائلة، وكثير منها يقاوم المضادات الحيوية بسبب غشائها الخارجي.
الوضع التصنيفي
هنا سأستعرض المقارنة بين النظامين (القديم والحديث) لهذين النوعين من البكتيريا الكيميائية (نتروزوموناس ونيتروباكتر) كما طلبت، مع مراعاة كافة التفاصيل التي ذكرتَها:أولاً: المقارنة التصنيفية (النظام القديم vs الحديث)
|
المرتبة
التصنيفية |
النظام
التقليدي (قبل 2024) |
النظام
الحديث (المعتمد في 2026) |
|
النطاق (Domain) |
البكتيريا (Bacteria) |
البكتيريا (Bacteria) |
|
المملكة (Kingdom) |
البكتيريا
الحقيقية (Eubacteria) |
بسودوموناداتي (Pseudomonadati) |
|
الشعبة (Phylum) |
المتقلبات (Proteobacteria) |
بسودومونادوتـا (Pseudomonadota) |
|
التوصيف
التركيبي |
سالبة
الجرام (Gram-negative) |
ثنائية
الغشاء (Diderms) |
ثانياً: تفصيل البكتيريا حسب النظامين
1. بكتيريا نتروزوموناس (Nitrosomonas)
في النظام القديم: كانت تُصنف كبكتيريا حقيقية (Eubacteria) تتبع شعبة Proteobacteria، وتُعرف ببساطة كبكتيريا تربة هوائية تؤكسد الأمونيا.في النظام الحديث (المملكة Pseudomonadati):
التركيب (Diderm): ينطبق عليها تماماً ما ذكرتَه؛ فهي تمتلك غشاءً مزدوجاً (داخلي وخارجي) وبينهما طبقة رقيقة من الببتيدوجليكان.الأيض: هي هوائية إجبارية (خلافاً للإي كولاي اللاهوائية اختيارياً)، وتستخدم نظام الغشاء الداخلي (Lamellae) لزيادة مساحة سطح تفاعلات أكسدة الأمونيا.
الدور البيئي: هي المحرك الأساسي لدورة النيتروجين، وبدونها تتراكم الأمونيا السامة وتنهار المنظومات البيئية.
وضع بكتيريا نيتروباكتر (Nitrobacter) فى التصنيف
في النظام القديم: كانت تتبع نفس شعبة نتروزوموناس ولكن في طائفة مختلفة (Alpha)، وكان يُنظر إليها كبكتيريا متخصصة في المرحلة الثانية من النترجة.التركيب: تتميز بغشاء خارجي غني بـ LPS (ليبوبوليسكاريد)، مما يحميها من الظروف البيئية القاسية في التربة.
الشكل: عصوية قصيرة، وغشاؤها السيتوبلازمي يتجمع في قطب واحد من الخلية، وهو تكيف تركيبي خاص بمملكة Pseudomonadati لتركيز إنزيمات الطاقة.الأهمية: هي المسؤولة عن إنتاج النترات، وهي الصورة التي يمتصها النبات (السماد الطبيعي)، مما يجعلها حيوية للأمن الغذائي العالمي.
ملاحظة علمية هامة لعام 2026:
اما ما ذكرتَه عن البكتيريا الزرقاء (Cyanobacteria) في الأمثلة فهو نقطة نقاش علمي حديثة؛ فرغم أنها تتبع شعبة مستقلة (Cyanobacteriota)، إلا أن الدراسات الوراثية الأخيرة أدرجت بعض رتبها تحت مظلة الممالك ثنائية الغشاء (Diderms) لتقارب التركيب الهيكلي للغشاء الخارجي مع مملكة Pseudomonadati.الخلاصة: نتروزوموناس ونيتروباكتر هما "المهندسان الكيميائيان" داخل مملكة Pseudomonadati؛ حيث يستغلان التركيب المعقد للغشاء المزدوج (Diderm) لتنفيذ أعقد عمليات الأكسدة غير العضوية في الطبيعة.
التفسير العلمى للتصنيف و من وضعه
هذا التصنيف الذي ذكرته يمثل المدرسة التقليدية (نظام الممالك الست) التي كانت سائدة قبل التحديثات الجذرية الأخيرة. إليك التفاصيل حول مصدره ومتى تغير:من وضع هذا التصنيف ؟
هذا التصنيف يتبع نظام كارل ووز (Carl Woese) والمعدل لاحقاً، والذي قسم الكائنات إلى 6 ممالك و في هذا النظام:استُخدم مصطلح المتقلبات (Proteobacteria) كشعبة (Phylum).
إليك الترتيب العلمي الدقيق لهذه الأنواع داخل المملكة حسب النظام الحديث:
مملكة بسودوموناداتي (Kingdom: Pseudomonadati)
هذه المملكة هي "المظلة الكبرى" التي تجمعهم لأنهم جميعاً يشتركون في صفة Diderms (ثنائية الغشاء: غشاء داخلي + غشاء خارجي + LPS) |
| بكتريا نتروزوموناس |
لماذا تم وضعهم في مملكة واحدة رغم اختلاف وظائفهم؟
رغم أن واحدة تعيش في الأمعاء (E. coli) والأخرى في التربة (Nitrosomonas/Nitrobacter)، إلا أن العلم الحديث في 2026 يعتمد على الأصل الوراثي وتركيب الخلية:- تركيب الجدار: جميعهم يمتلكون الغشاء الخارجي المميز الذي ذكرتَه (LPS) وطبقة الببتيدوجليكان الرقيقة
- صبغة جرام: جميعهم يظهرون باللون الأحمر/الوردي تحت المجهر (سالبة الجرام)
- التشابه الجيني: كشفت تحليلات الـ rRNA أنهم جميعاً تطوروا من سلف مشترك واحد صُنف ضمن هذه المملكة الجديدة
هنا في مجال البحث ساقوم"محمد عبدالغنى عبدالحميد " بوضع التصنيف كاملا لهذه الامثله الثلاثة و الهامة و ستكون كما يلى
المقدمة: ثورة تصنيفية في عام 2026
حتى وقت قريب، كان عالم البكتيريا يعيش تحت مظلة "المملكة التقليدية الموحدة". لكن وفقاً للتحديثات الرسمية الأخيرة الصادرة عن المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى ICNP، تم إقرار رتبة "المملكة" بشكل دقيق.
وهنا ظهرت مملكة Pseudomonadati بسودوموناداتي كأحد أضخم البيوت التصنيفية، لتضم تحتها شعبة Pseudomonadota المعروفة سابقاً بالمتقلبات Proteobacteria.
حتى وقت قريب، كان عالم البكتيريا يعيش تحت مظلة "المملكة التقليدية الموحدة". لكن وفقاً للتحديثات الرسمية الأخيرة الصادرة عن المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى ICNP، تم إقرار رتبة "المملكة" بشكل دقيق.
وهنا ظهرت مملكة Pseudomonadati بسودوموناداتي كأحد أضخم البيوت التصنيفية، لتضم تحتها شعبة Pseudomonadota المعروفة سابقاً بالمتقلبات Proteobacteria.
- الموقع ضمن المملكة: تنضم E. coli إلى Nitrosomonas و Nitrobacter في نفس المملكة والشعبة، لكنها تنفصل عنهما عند مستوى الطائفة؛ حيث تتبع طائفة "غاما" (Gammaproteobacteria)، بينما يتبع "أقاربها" الكيميائيون طائفتي "ألفا" و"بيتا"
- الاشتراك الهيكلي: تشترك معهما في كونها بكتيريا ثنائية الغشاء (Diderms)؛ حيث تمتلك الغشاء الخارجي المعقد والليبيد عديد السكاريد (LPS) الذي يوفر لها حماية عالية ويجعلها "سالبة الجرام".
- الاختلاف الأيضي: بينما تعتمد Nitrosomonas و Nitrobacter على الأكسدة الكيميائية للمركبات غير العضوية (الأمونيا والنتريت)، تعتمد E. coli على التمثيل العضوي (تكسير السكريات والمركبات العضوية) وتستطيع العيش في غياب الأكسجين (لاهوائية اختيارية)
- الوظيفة: تعمل E. coli في الأنظمة الحيوية العضوية (مثل أمعاء الثدييات)، بينما يعمل "أقاربها" في الأنظمة الكيميائية البيئية (دورة النيتروجين)، وهذا يوضح التنوع الهائل داخل مملكة Pseudomonadati.
- المملكة مقابل الشعبة: وفقاً للتحديثات، تنتهي الممالك باللاحقة "-ati" (مثل Pseudomonadati)، بينما تنتهي الشعب باللاحقة "-ota" (مثل Pseudomonadota).
- سبب التصنيف معاً: كلاهما ينتمي لنفس المملكة والشعبة لأنهما بكتيريا "سالبة الجرام" ذات خصائص وراثية كيميائية متقاربة، لكنهما ينفصلان عند مستوى الطائفة (ألفا مقابل بيتا)
- الوظيفة: نتروزوموناس تحول الأمونيا إلى نتريت، ثم تتسلم نيتروباكتر النتريت لتحوله إلى نترات؛ وهي عملية حيوية لا تكتمل إلا بوجود الجنسين معاً
التذكرة السرية للدخول: مواصفات سكان المملكة
رغم التنوع الأسطوري لكائنات هذه المملكة، إلا
أنهم جميعاً يتشاركون في "مخطط هندسي واحد للجدار الخلوي"،
وهو ما يُعرف بـ ثنائية الغشاء Diderms:
- غشاء داخلي وخارجي: يحيطان بطبقة رقيقة جداً من
الببتيدوجليكان.
- دروع الـ
LPS: غشاء خارجي مدجج بالليبوبروتينات
والسكريات المتعددة LPS لحمايتها.
- الهوية المجهرية: تظهر جميعها باللون الأحمر/الوردي
تحت المجهر سالبة الجرام.
- سكان المملكة: من قاع التربة إلى أمعاء الثدييات
لكي نفهم التنوع الأيضي المذهل داخل هذه المملكة،
يكفي أن نراقب ثلاثة أنواع رئيسية أولاد عمومة في التصنيف، لكنهم أعداء في نمط
الحياة:
المهندسون
الكيميائيون في التربة Nitrosomonas & Nitrobacter
في غرف العمليات السرية داخل التربة، يتعاون هذا الثنائي
لإدارة دورة النيتروجين العالمية وصناعة السماد الطبيعي للنباتات، من خلال نظام
غشائي معقد.
شجرة العائلة الدقيقة التصنيف الكامل المعتمد
بناءً على التحديثات الجينية تحليلات rRNA، يضع الباحث محمد عبد الغني عبد الحميد الترتيب التصنيفي الدقيق لهذه الأمثلة الثلاثة كما يلي:
أولاً: بكتيريا نتروزوموناس (Nitrosomonas)
تُصنف كبكتيريا مؤكسدة للأمونيا ضمن التسلسل التالي:النطاق (Domain): البكتيريا (Bacteria).
المملكة (Kingdom): بسودوموناداتي (Pseudomonadati)
الشعبة (Phylum): بسودومونادوتـا (Pseudomonadota) - (كانت تسمى سابقاً Proteobacteria)
الطائفة (Class): المتقلبات بيتا (Betaproteobacteria).
الرتبة (Order): النتروزوموناديات (Nitrosomonadales).
الفصيلة (Family): النتروزومونادية (Nitrosomonadaceae).
بكتيريا هوائية إجبارية تستخدم ثنايا غشائها الداخلي كمنصات لأكسدة الأمونيا السامة وتحويلها إلى نتريت NO2-
ثانياً: بكتيريا نيتروباكتر (Nitrobacter)
تُصنف كبكتيريا مؤكسدة للنتريت ضمن التسلسل التالي:النطاق (Domain): البكتيريا (Bacteria).
المملكة (Kingdom): بسودوموناداتي (Pseudomonadati)
الطائفة (Class): المتقلبات ألفا (Alphaproteobacteria).
الرتبة (Order): الهيفوميكروبيات (Hyphomicrobiales) - (التي تضم رتبة الرايزوبيات سابقاً).
الفصيلة (Family): الزانثوباكترية (Xanthobacteraceae).
تتميز بغشاء خارجي شديد المقاومة وغشاء سيتوبلازمي متجمع عند قطب واحد لتركيز إنزيمات الطاقة، لتؤكسد النتريت وتحوله إلى نترات NO3- وهي الصورة التي يمتصها النبات لإنتاج غذائنا.
المقيم المعوي المرن بكتيريا إيشيريشيا كولاي (Escherichia coli)
تُصنف كبكتيريا معوية لاهوائية اختيارية ضمن التسلسل التالي:المملكة (Kingdom): بسودوموناداتي (Pseudomonadati)
الشعبة (Phylum): بسودومونادوتـا (Pseudomonadota)
الرتبة (Order): المعويات (Enterobacterales).
الفصيلة (Family): الأمعائيات (Enterobacteriaceae).
الجنس (Genus): إيشيريشيا (Escherichia).
الأيض والمرونة: لاهوائية
اختيارية، لا تعتمد على المركبات غير العضوية بل تعيش على تكسير السكريات
والمركبات العضوية.
التنوع الوظيفي: تضم سلالات متعايشة سلمياً ومفيدة في
أمعائنا، وسلالات أخرى ممرضة ومقاومة للمضادات الحيوية بفضل ترسانة غشائها الخارجي.
ملاحظة وتوضيح علمي حول البكتيريا الزرقاء
وجب التنويه إلى أن البكتيريا الزرقاء
Cyanobacteria تتبع شعبة مستقلة بذاتها Cyanobacteriota،
إلا أن الدراسات الوراثية الهيكلية الحديثة تضعها في مقارنة مستمرة مع مملكة Pseudomonadati نظراً
للتشابه المورفولوجي العجيب في صفة الغشاء المزدوج
Diderms،
مما يعكس وحدة التصميم الذكي في الطبيعة لإنتاج الطاقة، سواء عبر الضوء أو عبر
الكيمياء.
البكتيريا تنقسم لـثلاث مجموعات رئيسية ممالك وشعب كبرى
المجموعة الأولى:البكتيريا ثنائية الغشاء وسالبة الجرام Diderms / Gram-Negative
دي العيلة الكبيرة اللي منها موضوعنا؛ جدارها
رقيق وعليها غشاء خارجي يحميها، وتحت المجهر بتلون أحمر/وردي.
- مملكة Pseudomonadati بطلة قصتنا: ودي بتضم الـ E.
coli البكتيريا
المعوية، والـ Nitrosomonas والـ Nitrobacter بتوع التربة والنيتروجين، والـ Pseudomonas.
- البكتيريا الحلزونية Spirochaetes: بكتيريا
مرنة بتتحرك زي السوستة.
- البكتيريا الزرقاء Cyanobacteria: بكتيريا بتعمل بناء ضوئي زي النباتات
بس هي بكتيريا سالبة الجرام.
- البكتيريا أحادية الغشاء وموجبة
الجرام
Monoderms /
Gram-Positive
دي عيلة تانية خالص، معندهاش غشاء خارجي، بس جدار
الببتيدوجليكان بتاعها "تخين ومسلح"، وعشان كده بتصبغ باللون
البنفسجي/الأزرق الغامق.
بكتيريا حمض اللبن
Lactobacillus: اللي بتعملنا الزبادي والجبنة في
البيوت.
بكتيريا حمض اللبن هي هي بكتيريا حمض اللاكتيك Lactic Acid Bacteria. الاثنين
اسمين لنفس الحاجة بالظبط؛ "اللاكتيك" هو الاسم العلمي اللاتيني،
و"اللبن" هو الاسم الدارج بالعربي لأنها البكتيريا الأساسية اللي بتخمر
اللبن وتحوله لزبادي وجبن عن طريق تحويل سكر اللاكتوز إلى حمض لاكتيك.
أشهر جنس فيها هو اللي قلناه فوق: لاكتوباسيلس Lactobacillus، وكلمة "باسيلس" تعني عصوية،
و"لاكتو" يعني لبن/لاكتيك.
عشان نربطها: البكتيريا دي موجبة الجرام، يعني جدارها سميك جداً ومصنوع من الببتيدوجليكان وما عندهاش غشاء خارجي بعكس الـ E. coli وقرايبها اللي ظبطناهم فوق.
المكورات العنقودية والمسبحية Staphylococci & Streptococci: دي اللي بتعمل التهاب الحلق واللوز المشهور عند
الطلاب.
بكتيريا الجمرة الخبيثة والكزاز Clostridium: بكتيريا
بتعمل جراثيم قوية جداً بتعيش في التربة لسنوات.
البكتيريا عديمة الجدار الخلوي Mollicutes
دي بقى بكتيريا "صايعة" في التصنيف،
طفرة وراثية هى من غير جدار خلوي أصلاً!
الميكوبلازما
Mycoplasma: أصغر خلايا بكتيرية في العالم،
وملهاش شكل ثابت لأن معندهاش جدار يحكمها، وطبعاً المضادات الحيوية اللي بتضرب
الجدار زي البنسلين مبتشتغلش عليها خالص.
الخلاصة اللي تهمك: "أم البكتيريا" متجوزة التنوع، بس بناتها التلاتة الكبار هما: سالبة الجرام بتاعتنا، وموجبة الجرام بتاعة الزبادي واللوز، وعديمة الجدار بتاعة الأمراض الرخمة.
كيف تعمل هذه الاصلاحيه البيولوجيه و كيف تنشىء مصانعها؟
يا صاحبي، دول مش عاوزين تربية بس، دول عاوزين
"إصلاحية بيولوجية" من اللي قلبك يحبها!
بما إننا فتحنا سيرة "الغازات والأكشن
الكيميائي"، فكل جرثومة من دول حرفياً قالب مكان أكل عيشه لورشة تصنيع، بس واحد
شغال في "المجاري العضوية" والتاني شغال في "مصنع سماد دولي".
تعال نمسكهم ونحللهم "دم وبول وبراز" ونشوف كل واحد بيعمل إيه بالظبط
وبيدمر أو يعمر في إيه من واقع مراقبه التصرفات المسئول عنها كلا مما ذكر أسمائهم وجد
أن:
إيشيريشيا كولاي E. coli
مكان أكل العيش: أمعاء الغليظة للثدييات بما فيهم أنا وأنت. الأكشن
الكيميائي اللي بيفسي في البطن:
الـ E. coli دي لاهوائية اختيارية، يعني لو شمت أكسجين
تتنفس، لو الأكسجين مقطوع في الأمعاء تقلب "مخمرة" فوراً.
بتعمل إيه؟ أول ما يزلّ جدار أمعائك ويوصل لها أكل مش مهضوم
كويس زي السكريات المعقدة والألياف، بتفتح الورشة وتبدأ تعمل تخمير حمضي مختلط Mixed Acid Fermentation.
النتيجة الكيميائية: بتكسر الجلوكوز وتطلع أحماض لاكتيك،
وسكسينيك، وأسيتيك ومعاهم بقى قنبلة غازات: ثاني أكسيد الكربون CO2
وغاز الهيدروجين H2.
التربية: الغازات دي هي اللي بتنفخ البطن وتعمل "الكركبة" والتقلصات. يعني هي بتفيك وتتغدى، وأنت اللي بتتنفخ! وطبعاً السلالات قليلة الأدب منها بتفرز سموم تعمل إسهال دموي.
نتروزوموناس Nitrosomonas
مكان أكل العيش: التربة الزراعية والمجاري المائية. الأكشن
الكيميائي القلبظة الكيميائية في صمت:
دي بكتيريا "ذاتية التغذية الكيميائية" Chemoautotrophic، يعني مابتشحتش سكر زي الـ E. coli، دي بتصنع أكلها بنفسها بس عن طريق "جريمة كيميائية" في التربة.
بتعمل إيه؟ دي واقفة مستنية الفضلات، وبراز الحيوانات،
واليوريا اللي بتتحلل وتطلع أمونيا NH3 وهي مادة سامة وريحتها
خنيقة جداً. النتروزوموناس بتاخد الأمونيا دي وتعمل لها أكسدة Nitridation
عشان تطلع منها طاقة تثبت بيها الـ CO2 وتعيش.
النتيجة الكيميائية: المعادلة اللي بتشغل بيها مصنعها هي:
2NH3
+ 3O2 -----------→
2NO2- + 2H+ + 2H2O + {Energy}
التربية: هي مابتطلعش غازات تفسي بيها في التربة، لكن بتطلع حمض ونتريت سيتوبلازمي 2NO2- النتريت ده مادة سامة جداً للنبات، يعني لو فضلت لوحدها هتموت الزرع بس ربنا بيسخر لها أختها Nitrobacter اللي بتلحقها وتنقذ الموقف وتحول النتريت لنترات مفيدة.
نيتروباكتر Nitrobacter
مكان أكل العيش: لازقة في قفا النتروزوموناس في التربة. الأكشن
الكيميائي عمالة النظافة الدولية:
بتعمل إيه؟ دي بكتيريا "قنوعة" جداً، عايشة على
فضلات النتروزوموناس. بتاخد الـ النتريت السام NO2− اللي طلع فوق، وبتأكسده في ثواني وتحوله لـ نترات
2NO3-
النتيجة الكيميائية:
2NO2-
+ O2 -----------→
2NO3- + {Energy}
التربية: النترات دي بقى هي "السماد الأزوتي الطبيعي" اللي النبات بيمتصه بلهفة عشان يبني بروتينات، ويكبر، ويطلع لنا خضار وفاكهة ناكلها.. فتقوم الـ E. coli تاكلها في بطننا وتعمل غازات تاني!
الخلاصة عشان تربط الأسئلة :
- الـ E. coli: بكتيريا أنانية، بتاكل عضوي سكريات
وتطلع غازات حيوية CO2,H2 تنفخ بيها الأحشاء.
- الـ Nitrosomonas: بكتيريا خدومة بيئياً، بتاكل غير عضوي أمونيا
سامة وتطلع مركبات وسيطة سامة NO2- في التربة.
- الـ Nitrobacter: بكتيريا الإنقاذ، بتاكل المركبات السامة دي وتطلع سماد جاهز NO3.
جراثيم آه.. بس لولا بتوع التربة دول، كانت الأرض باظت والنيتروجين وقف، ولولا بتاعة البطن مكانش حد اتهضم له لقمة
"ما هم عمال التراحيل والشغيلة"
يا
صاحبي، دول بقى مش جراثيم زي اللي فاتوا، دول "عمال التراحيل والشغيلة" اللي
قايم على قفاهم بيوت وصناعات واقتصاد دول من آلاف السنين!
"التطبيقات الصناعية والبيولوجية"
بكتيريا تعطين الكتان (البكتيريا الحشاشة بتاعة النسيج)
اسم
الجنس الشهير: كلوستريديوم (Clostridium)
- وتحديداً أنواع
زي Clostridium felsineum.
نوعها
في التصنيف: موجبة الجرام وأحادية الغشاء، ولاهوائية إجبارية
(مبتطقش الأكسجين).
حكايتها
إيه معانا؟ الكتان
ده نبات، وعشان ناخد منه الألياف القوية اللي بنعمل منها قماش الكتان الفاخر،
الألياف دي بتكون لزقة في ساق النبات بمادة صمغية جامدة جداً اسمها "البكتين" (Pectin).
بتعمل
إيه بالظبط؟ الفلاحين
من أيام الفراعنة كانوا بياخدوا سيقان الكتان ويغطسوها في برك مياه (بيئة
لاهوائية).
هنا
تتدخل البكتيريا دي، وتفرز إنزيمات قوية اسمها
(Pectinases) تلتهم
المادة الصمغية دي وتدوبها، فتفصل الألياف عن الساق من غير ما تبوظ الألياف نفسها.
العملية دي اسمها العلمي "التعطين" (Retting).
البكتيريا دي لاهوائية، وبتشتغل في الساق النباتي الميت لتسهيل صناعة
الغزل والنسيج.
بكتيريا اللبن الزبادي (بتاعة خلاط البيوت)
اسم
الجنس الشهير: لاكتوباسيلس (Lactobacillus
bulgaricus) ومعاها
المقورة السبحية (Streptococcus thermophilus).
نوعها
في التصنيف: موجبة الجرام (جدارها سميك جداً وببتيدوجليكان
صافي)، لاهوائية اختيارية.
حكايتها
إيه معانا؟ دي
اللي لسه ملقطينها فوق (بكتيريا حمض اللاكتيك). دي قاعدة مستنية اللبن الحليب
الدافئ.
بتعمل
إيه بالظبط؟ بتدخل
على سكر اللبن اللي اسمه اللاكتوز (Lactose)، وتعمل له عملية تخمر لاكتي (Lactic Acid Fermentation) في غياب الأكسجين، وتحوله لـ حمض اللاكتيك.
النتيجة: الحمض
ده بيزود حموضة اللبن بحيث تقل الأس الهيدروجينى Ph ، جيث يتجلط بروتين اللبن (الكازين)
ويمسك في نفسه ويتحول من القوام السائل لـ قوام "زبادي" متماسك وطعمه
مزز.
هذه الحموضة
تقوم بطرد أي بكتيريا تعفن تانية لأنها مابتستحملش الوسط الحمضي.
بكتيريا الخل (صاحبة الكيف المحول)
اسم
الجنس الشهير: أسيتوباكتر (Acetobacter
aceti).
نوعها
في التصنيف: سالبة الجرام وثنائية الغشاء (يعني تتبع نفس مملكتنا المحبوبة Pseudomonadati بتاعة
الـ E. coli والنيتروزوموناس). هوائية إجبارية بتموت في الأكسجين
حكايتها
إيه معانا؟ دي
بكتيريا "مكيفة"؛ شغلها كله قايم على الكحول (الإيثانول).
بتعمل
إيه بالظبط؟ لو
عندك محلول سكري متخمر وفيه كحول (زي عصير التفاح المتخمر أو المذيبات الكحولية)
وسبته معرض للهواء (الأكسجين)، البكتيريا دي بتهجم عليه وتعمل أكسدة للكحول وتحوله
لـ حمض الأسيتيك (Acetic acid) أو اللي بنسميه بالعربي "حمض الخليك"
(الخل اللي في المطبخ).
المعادلة
السريعة:
Acetobacter
C2H5OH + O2 ------------------------→ CH3COOH + H20
{Ethanol
} (C2H5OH) + O2 {Acetic Acid } (CH3COOH) + H2O
كيف يمكن المقارنه بين أنواع البكتريا الصناعية؟
|
البكتيريا |
نوع الجدار (جرام) |
نوع التنفس |
الوظيفة الصناعية |
الناتج الكيميائي الأساسي |
|
تعطين الكتان |
موجبة (+) |
لاهوائية إجبارية |
فصل ألياف النسيج |
إنزيمات تحلل البكتين |
|
اللبن الزبادي |
موجبة (+) |
لاهوائية اختيارية |
صناعة الألبان والبروبيوتيك |
حمض اللاكتيك (Lactic acid) |
|
بكتيريا الخل |
سالبة (-) |
هوائية إجبارية |
صناعة الخل وحفظ الأغذية |
حمض الخليك (Acetic acid) |
شفت الفيلم منور إزاي؟ بكتيريا الخل سالبة وقرايب الـ E. coli بس بتتنفس أكسجين، والاتنين التانيين موجبات الجرام بس واحدة لاهوائية بتموت من الأكسجين (الكتان) والتانية مرنة (الزبادي).
الاسئله الهامة للمراحل النهائية من شهادات الدكتوراه حتى الثانوية العامة
سؤال مستوى
أحياء ثانوية
عامة
السؤال: بالاستعانة بالصورة الموضحة لبكتيريا E. coli، إذا قام أحد الباحثين بمعاملة هذه الخلية بإنزيم يقوم بتكسير الروابط الهيدروجينية والتساهمية في الحمض النووي الدائري الصغير الموضح بالسهم (البلازميدات)، فما هي النتيجة المتوقعة على استمرار حياة البكتيريا وصناعة بروتيناتها الأساسية؟
(أ) تموت الخلية فوراً لتوقف عملية تضاعف الـ DNA الرئيسي.
(ب) تتوقف الخلية عن إنتاج الريبوسومات (Ribosomes) تماماً.
(ج) تستمر الخلية في الحياة والنمو بشكل طبيعي في الظروف القياسية، لكنها قد تفقد بعض الصفات الثانوية مثل مقاومة مضاد حيوي معين.
(د) يتحلل الجدار الخلوي الخارجي وتنفجر الخلية نتيجة الضغط الأسموزي.
مفتاح الإجابة الصحيحة: (ج). لأن البلازميدات تحمل جينات إضافية (مثل مقاومة المضادات) وليس الجينات الأساسية للحياة التي يحملها الكروموسوم الرئيسي الموضح في الخلية اليسرى.
سؤال مستوى (كليات العلوم - شعبة ميكروبيولوجي ونبات)
السؤال: يظهر في القطاع العرضي (الخلية الوسطى) عدد كبير من الجسيمات الكروية (الريبوسومات). عند عزل هذه الريبوسومات من خلية Escherichia coli وتحليلها طردياً، ما هو معامل الترسيب (Svedberg unit) المتوقع للوحدات الكبيرة والصغيرة والتجمُّع الكامل لها؟(أ) الوحدة الصغيرة 40S، الكبيرة 60S، والتجمع 80S.
(ب) الوحدة الصغيرة 30S، الكبيرة 50S، والتجمع 70S.
(ج) الوحدة الصغيرة 30S، الكبيرة 50S، والتجمع 80S.
(د) الوحدة الصغيرة 40S، الكبيرة 50S، والتجمع 70S.
مفتاح الإجابة الصحيحة: (ب). ريبوسومات البكتيريا (بدائيات النوى) هي من طراز 70S، وتتكون من وحدتين فرعيتين هما 30S و 50S.
سؤال مستوى (كليات الطب البشري - ميكرو وطفيليات)
السؤال: بناءً على الغشاء الخارجي الإضافي والزوائد الخيطية المحيطة بالخلية (الموضحة في الرسم جهة اليمين واليسار)، أي من الميكانيكيات التالية تفسر قدرة السلالات المعوية الممرضة من E. coli على إحداث عدوى المسالك البولية الحادة (UTI) ومقاومة غسيل البول الميكانيكي؟
(أ) اختراق الغشاء الخارجي (LPS) لجدار المثانة وهضم الخلايا طلائية.
(ب) ارتباط الأهداب/الأسواط المحيطية (Fimbriae/Pili) بمستقبلات مانوز (Mannose receptors) على خلايا الاستجابة المناعية وتثبيطها.
(ج) استخدام الأهداب الخلوية (Pili) للالتصاق الثابت بالخلايا الطلائية المبطنة للمسالك البولية (Uroepithelial cells) لمنع جرفها مع تيار البول.
(د) إفراز البلازميدات لسموم بروتينية تذيب الصمامات البولية.
مفتاح الإجابة الصحيحة: (ج). الزوائد الخيطية (Pili/Fimbriae) الظاهرة بوضوح في صورتك هي سلاح الالتصاق الأساسي للبكتيريا سالبة الجرام لتثبيت نفسها في الأنسجة المخاطية.
سؤال مستوى (دراسات عليا - ماجستير بيولوجيا جزيئية وهندسة وراثية)
السؤال: بالنظر إلى الخلية اليسرى في التصميم، يظهر الكروموسوم البكتيري الرئيسي (Nucleoid) في حالة تكثيف شديد (Supercoiling) بدون غشاء نووي. ما هي المجموعات البروتينية المسؤولة عن هذا التكثيف الهيكلي في الـ E. coli، والتي تمثل نظيراً وظيفياً لبروتينات الهيستونات في حقيقيات النواة؟(أ) بروتينات الـ Topoisomerases والـ DNA Polymerase I.
(ب) البروتينات المرتبطة بالنكليوئيد (Nucleoid-Associated Proteins - NAPs) مثل HU و H-NS.
(ج) بروتينات الـ Chaperones والـ Heat Shock Proteins.
(د) بروتينات الغشاء الخارجي المقاومة للصدمات (Porins).
مفتاح الإجابة الصحيحة: (ب). البكتيريا لا تمتلك هيستونات حقيقية، بل تعتمد على بروتينات NAPs (مثل HU و H-NS) لثني وتكثيف الـ DNA داخل الخلية.
سؤال التنين (مستوى دكتوراه / زمالة طبية للأمراض المعدية)
السؤال: تظهر اللوحة التركيب ثنائي الغشاء (Diderm) المميز لمملكة Pseudomonadati. من الناحية العلاجية الإكلينيكية، إذا تم استخدام مضاد حيوي من عائلة "البنسلينات" (مثل الـ Ampicillin) ضد هذه البكتيريا وفشل العلاج، فما هو التفسير التركيبي الأقرب المعتمد على الحواجز الفيزيائية الظاهرة في الرسم؟(أ) عجز المضاد الحيوي عن اختراق جدار الببتيدوجليكان السميك جداً.
(ب) عدم قدرة المضاد على النفاذ عبر القنوات البروتينية (Porins) الموجودة في الغشاء الخارجي، أو قيام البكتيريا بإنتاج إنزيم الـ Beta-lactamase وحجزه داخل "الفراغ البيريبلازمي" الموضح بين الغشائين لتدمير الدواء قبل وصوله للببتيدوجليكان.
(ج) قيام الريبوسومات بتغيير شفرتها الجينية بسرعة لتوليد بروتينات بديلة للجدار.
(د) هروب البلازميدات خارج الخلية وحملها للدواء معها.
مفتاح الإجابة الصحيحة: (ب). الفراغ البيريبلازمي (Periplasmic space) المحصور بين الغشائين في البكتيريا سالبة الجرام هو "غرفة الحرب" اللي البكتيريا بتخزن فيها إنزيمات تكسير المضادات الحيوية لحماية طبقة الببتيدوجليكان الرقيقة.
المصادر:
: جوكر م، أورين أ. نشر أسماء نطاقين وسبع ممالك من بدائيات النوى. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2024؛ 74 : 6242. 
🇩🇪
- أورين أ ، أراهال د.ر ، جوكر م ، مور إ.ر.ب ، روسيلو-مورا ر وآخرون. المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى. مدونة بدائيات النوى (مراجعة 2022). المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 5585 [عرض المقالة] [PubMed]
- أورين أ ، أراهال د.ر ، روسيلو-مورا ر ، سوتكليف إ.س ، مور إ.ر.ب. تعديل القواعد 5ب، 8، 15، و22 من المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى لتشمل رتبة الشعبة. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2021 ؛ 71: 4851 [عرض المقالة] [PubMed]
- أورين أ ، غاريتي جي إم . نشرٌ مُعتمد لأسماء اثنين وأربعين شعبة من بدائيات النوى. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2021 ؛ 71: 005056 [عرض المقالة] [PubMed]
- أورين أ ، غاريتي جي إم . إشعار بظهور أسماء جديدة للكائنات بدائية النواة، وتراكيب جديدة، وآراء تصنيفية جديدة في المجلد 71، الجزء 10 من المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2022 ؛ 72: 5165 [عرض المقال] [PubMed]
- أورين أ ، ماريس ج ، ريبكا ر . التحقق من صحة اسمي البكتيريا الزرقاء (Cyanobacterium) والبكتيريا الزرقاء ستانيري (Cyanobacterium stanieri) ، واقتراح شعبة جديدة من البكتيريا الزرقاء (Cyanobacteriota) . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2022 ؛ 72: 5528 [عرض المقال]
- أورين أ ، جوكر م . إشعار بظهور أسماء جديدة للكائنات بدائية النواة، وتراكيب جديدة، وآراء تصنيفية جديدة في المجلد 72، الجزء 10 من المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 005736 [عرض المقال] [PubMed]
- جوكر م ، أورين أ . نشر صحيح لأربعة أسماء شعب إضافية. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 006024
- ساكاي إتش دي ، نور إن ، كاتو إس ، يوكي إم ، شيميزو إم وآخرون. نظرة معمقة على نمط الحياة التكافلي لبكتيريا DPANN القديمة من خلال الاستزراع وتحليل الجينوم. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية 2022 ؛ 119: e2115449119 [عرض المقالة] [PubMed]
- أورين أ ، جوكر م . قائمة التحقق رقم 214. النشر الصحيح للأسماء الجديدة والتركيبات الجديدة المنشورة فعليًا خارج المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 6080 [عرض المقالة] [PubMed]
- تشوفوشينا م ، موسيج أ ج ، شوميل ب أ ، سكارشيفسكي أ ، رينكه س وآخرون. اقتراح أسماء لـ 329 تصنيفًا عالي الرتبة مُعرَّفًا في قاعدة بيانات تصنيف الجينوم تحت رمزين بدائيات النوى. رسائل علم الأحياء الدقيقة FEMS 2023 ؛ 370: fnad071 [عرض المقالة] [PubMed]
- جوكر م ، مور إي آر بي ، أورين أ ، تروخيو إم إي . حالة برنامج SeqCode في المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2022 ؛ 72: 5754 [عرض المقالة] [PubMed]
- أورين أ ، جوكر م . قائمة التحقق رقم 215. النشر الصحيح للأسماء الجديدة والتركيبات الجديدة المنشورة فعليًا خارج المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2024 ؛ 74: [عرض المقالة] [PubMed]
- جوكر م ، أورين أ . اقتراح لإدراج فئتي المملكة والنطاق في المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 5650
- أورين أ . تعديل المبدأ 8، والقواعد 5ب، 8، 15، 33أ، والملحق 7 من المدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى لتشمل فئتي المملكة والنطاق. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 6123 [عرض المقال] [PubMed]
- جوكر م . سد الثغرات: أسماء التصنيفات المفقودة على مستوى الصنف والرتبة والفصيلة. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 72: 5638
- ووز سي آر ، كاندلر أو ، ويليس إم إل . نحو نظام طبيعي للكائنات الحية: اقتراح لمجالات العتائق ، والبكتيريا ، وحقيقيات النوى . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية 1990 ؛ 87: 4576-4579 [عرض المقالة] [PubMed]
- سنيث ، بي إتش إيه ، ماكجوان ، في ، سكيرمان ، في بي دي . قوائم معتمدة لأسماء البكتيريا. المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي 1980 ؛ 30: 225-420 [عرض المقالة]
- إهرنبرغ سي جي . Dritter Beitrag zur Erkenntniss منظمة إجمالية في der Richtung des Kleinsten Raumes. Abhandlungen der Preussischen Akademie der Wissenschaften (برلين) aus den Jahren 1833-1835 1835 ; 1833-1835 : 143-336
- كوهن ف . Unter suchungen über Bakterien. في Beiträge zur Biologie der Pflanzen 1 (Heft 2)، 1872 بريسلاو: ماكس مولر؛ 1875 ص 127 – 224
- شركة هارز Actinomyces bovis، عين جديدة في den Geweben des Rindes. Deutsche Zeitschrift für Thiermedizin 1877 ؛ 5: 125- 140
- ثاكستر ر . حول الميكسوبكتيرياسيا ، رتبة جديدة من الشيزوميسيتس . المجلة النباتية 1892 ؛ 17: 389-406 [عرض المقال ]
- ميجولا دبليو . Über ein new System der Bakterien. Arbeiten aus dem Bakteriologischen Institut der Technischen Hochschule zu Karlsruhe 1894 ; 1: 235- 238
- زيليج دبليو ، ستيتر كو ، شيفر دبليو ، جانيكوفيتش د ، وندرل إس وآخرون. Thermoproteales : نوع جديد من البكتيريا اللاهوائية اللاهوائية شديدة الحرارة المعزولة من سولفاتاراس الأيسلندية. Zentralblatt für Bakteriologie Mikrobiologie und Hygiene: I Abt Originale C 1981 ; ج2: 205-227 [عرض المقال ]
- قائمة التحقق للمحرر المساعد رقم 8. المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي 1982 ؛ 32: 266-268 [عرض المقالة]
- كلويفر إيه جيه ، فان نيل سي بي . آفاق النظام الطبيعي لتصنيف البكتيريا. Zentralblatt für البكتيريا والطفيليات والعدوى والنظافة Abteilung II 1936 369– 403
- كنور م . فوق المغزلية الحلزونية المتكافئة، والبكتيريا المغزلية الجاتونج (KB Lehmann) والسبيريليوم سبوتجينوم. Zugleich ein Beitrag Zur Bakteriologie der Mundhöhle. الثاني ميتيلونج. يموت جاتونج فوسوباكتيريوم. Zentralblatt für Bakteriologie, Parasitenkunde, Infektionskrankheiten Und Hygiene, Abteilung I 1922 ; 89: 4- 22
- مينغيشي هـ ، إيتشيغو أ ، ناغاوكا س ، كاميكورا م ، أوسامي ر . هالاركيوم أسيدوفيلم ، جنس جديد، نوع جديد، هالواركيون محب للحموضة بشكل معتدل، معزول من ملح شمسي تجاري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2010 ؛ 60: 2513-2516 [عرض المقالة] [PubMed]
- يوزيبي ج . إشعار بظهور أسماء وتراكيب جديدة في المجلد 60، الجزء 11، من المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2011 ؛ 61: 221-222 [عرض المقال]
- باتيستوزي إف يو ، فيجاو إيه ، هيدجز إس بي . مقياس زمني جينومي لتطور بدائيات النوى: رؤى حول أصل إنتاج الميثان، والتغذية الضوئية، واستيطان اليابسة. بي إم سي إيفول بيول 2004 ؛ 4: 44 [عرض المقالة] [ببمد]
- باتيستوزي إف يو ، هيدجز إس بي . مجموعة رئيسية من بدائيات النوى ذات تكيفات قديمة للحياة على اليابسة. بيولوجيا الجزيئات والتطور 2009 ؛ 26: 335-343 [عرض المقال] [PubMed]
- رينكه سي ، وشوينتيك بي ، وشزيربا إيه ، وإيفانوفا إن إن ، وأندرسون آي جيه وآخرون. رؤى حول التطور الوراثي وإمكانات الترميز للمادة المظلمة الميكروبية. نيتشر 2013 ؛ 499: 431-437 [عرض المقالة] [PubMed]
- سيكيجوتشي واي ، أوهاشي إيه ، باركس دي إتش ، ياماوتشي تي ، تايسون جي دبليو وآخرون. أولى الرؤى الجينومية حول أعضاء شعبة بكتيرية مرشحة مسؤولة عن انتفاخ مياه الصرف الصحي. PeerJ 2015 ؛ 3: e740 [عرض المقالة] [PubMed]
- كيركيجارد آر إتش ، دوهولم إم إس ، ماكلروي إس جيه ، نيريشلو إم ، كارست إس إم وآخرون. رؤى جينومية لأعضاء الفئة المرشحة Hyd24-12 الشائعة في أجهزة الهضم اللاهوائية المتوسطة. آي إس إم إي 2016 ؛ 10: 2352– 2364 [عرض المقال] [مجلات]
- جي إم ، غرينينغ سي ، فان وونترغيم آي ، كارير سي آر ، باي إس كيه وآخرون. تدعم الغازات النزرة في الغلاف الجوي الإنتاج الأولي في التربة السطحية لصحراء أنتاركتيكا. نيتشر 2017 ؛ 552: 400-403 [عرض المقالة] [PubMed]
- باركس دي إتش ، رينك سي ، تشوفوشينا إم ، شوميل بي-إيه ، وودكروفت بي جيه وآخرون. استعادة ما يقرب من 8000 جينوم مُجمَّع من الميتاجينوم يُوسِّع شجرة الحياة بشكلٍ كبير. نات ميكروبيول 2017 ؛ 2: 1533-1542 [عرض المقالة] [PubMed]
- كافاليير-سميث تي ، تشاو إي -واي . أشجار البروتينات الريبوزومية متعددة المجالات والأصل البكتيري لبروتين نيومورا (حقيقيات النوى، العتائق). بروتوبلازما 2020 ؛ 257: 621-753 [عرض المقالة] [PubMed]
- كولمان جي إيه ، دافين إيه إيه ، ماهيندراجاه تي إيه ، زانثو إل إل ، سبانغ إيه وآخرون. شجرة تطورية متجذرة تحل التطور المبكر للبكتيريا. ساينس 2021 ؛ 372: eabe0511 [عرض المقالة] [PubMed]
- يابي إس ، موتو ك ، آبي ك ، يوكوتا أ ، ستوديجيل إتش وآخرون. فولكانيميكروبيوم ألبينوس ، جنس جديد، نوع جديد، أول ممثل مُستزرع لشعبة " إريميوباكتيروتا " المرشحة، كائن ضوئي لا هوائي متعدد الاستخدامات الأيضية. ISME Commun 2022 ؛ 2: 120 [عرض المقال] [PubMed]
- مودي إي آر آر ، ماهيندراجا تي إيه ، دومبروفسكي إن ، كلارك جيه دبليو ، بيتيجان سي وآخرون. تقدير لأعمق فروع شجرة الحياة من جينات قديمة متطورة رأسيًا. إي لايف 2022 ؛ 11: e66695 [عرض المقالة] [PubMed]
- جيبونز، ن . إي. ، وموراي ، ر. ج . إي . مقترحات بشأن التصنيفات العليا للبكتيريا. المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي 1978 ؛ 28: 1-6 [عرض المقال]
- موراي ، آر جي إي . التصنيفات العليا، أم مكان لكل شيء؟ في: كريج، إن آر ، وهولت ، جي جي (محرران)، دليل بيرجي لعلم تصنيف البكتيريا ، الطبعة الأولى، المجلد 1 ، بالتيمور: شركة ويليامز وويلكنز؛ 1984، الصفحات 31-34
- غوبتا، آر إس . علم تطور البروتينات وتسلسلاتها المميزة: إعادة تقييم للعلاقات التطورية بين العتائق والبكتيريا الحقيقية وحقيقيات النوى. مجلة علم الأحياء الدقيقة والبيولوجيا الجزيئية 1998 ؛ 62: 1435-1491 [عرض المقالة] [PubMed]
- غوبتا، آر إس . النطاق الثالث للحياة ( العتائق ): حقيقة راسخة أم نموذج مهدد بالانقراض؟ مجلة علم الأحياء السكاني النظري 1998 ؛ 54: 91-104 [عرض المقال] [PubMed]
- غوبتا، آر إس . ما هي البكتيريا القديمة: النطاق الثالث للحياة أم بدائيات النوى أحادية الطبقة المرتبطة بالبكتيريا موجبة الغرام؟ اقتراح جديد لتصنيف الكائنات بدائية النوى. علم الأحياء الدقيقة الجزيئي 1998 ؛ 29: 695-707 [عرض المقال] [PubMed]
- كافاليير-سميث تي . نظام مُعدَّل للحياة بست ممالك. مجلة المراجعات البيولوجية لجمعية كامبريدج الفلسفية 1998 ؛ 73: 203-266 [عرض المقال] [PubMed]
- كافاليير-سميث تي . تأصيل شجرة الحياة من خلال تحليلات الانتقال. بيول دايركت 2006 ؛ 1: 19 [عرض المقالة] [PubMed]
- ميغريان د ، طيب ن ، ويتوينوفسكي ج ، بيلوان س ، غريبالدو س . غشاء واحد أم غشاءان؟ البكتيريا ثنائية الغشاء من شعبة Firmicutes تتحدى التصنيف بين البكتيريا موجبة وسالبة الغرام. علم الأحياء الدقيقة الجزيئي 2020 ؛ 113: 659-671 [عرض المقال] [PubMed]
- لوكيتا إس . وجهات نظر جديدة حول التصنيف الضخم للحياة. علم الأوليات 2012 ؛ 7: 218-237
- مارتينيز-غوتيريز، سي. أ. ، وأيلوارد ، إف. أو . الإشارة التطورية، والتوافق، وعدم اليقين بين البكتيريا والعتائق. بيولوجيا الجزيئات والتطور 2021 ؛ 38: 5514-5527 [عرض المقالة] [PubMed]
- ليونارد آر آر ، سوفاج إي ، لوبو في ، بيرين إيه ، سيرجاكوبس دي وآخرون. هل كان السلف المشترك الأخير للبكتيريا هو أحادي الجلد بعد كل شيء؟ الجينات 2022 ; 13: 376 [عرض المقال] [PubMed]
- بريمر ن ، كنوب م ، مارتن و.ف ، تريا ف.د.ك. نسب نقل الجينات إلى تضاعف الجينات الواقعية تحدد جذورًا مختلفة في التطور السلالي للبكتيريا باستخدام طريقة التوفيق الشجري. لايف 2022 ؛ 12: 995 [عرض المقالة] [PubMed]
- ويليامز تي إيه ، دافين إيه إيه ، موريل بي ، زانثو إل إل ، سبانغ إيه وآخرون. تقدير المعلمات وتحديد جذر شجرة الأنواع باستخدام ALE وGeneRax. Genome Biol Evol 2023 ؛ 15: evad134 [عرض المقالة] [PubMed]
- تايب ن ، ميغريان د ، ويتوينوفسكي ج ، آدم ب ، بوبلتون د وآخرون. تحليل جينومي شامل للبكتيريا العصوية يُلقي الضوء على الانتقال من ثنائي الجلد إلى أحادي الجلد. نات إيكول إيفول 2020 ؛ 4: 1661-1672 [عرض المقالة] [PubMed]
- ويتوينوفسكي ج ، سارتوري-روب أ ، طيب ن ، بيندي ن ، ثام ت ن وآخرون . يشير انقسام قديم في أنظمة ربط الغشاء الخارجي في البكتيريا إلى آلية للانتقال من ثنائي الغشاء إلى أحادي الغشاء. نات ميكروبيول 2022 ؛ 7: 411-422 [عرض المقالة] [PubMed]
- هوبر ر ، لانغورثي ت.أ ، كونيغ هـ ، ثوم م ، ووز س.ر وآخرون. يمثل Thermotoga maritima sp. nov. جنسًا جديدًا من البكتيريا الحقيقية المحبة للحرارة الشديدة والفريدة من نوعها ، والتي تنمو حتى 90 درجة مئوية. أرشيف علم الأحياء الدقيقة 1986 ؛ 144: 324-333 [عرض المقال]
- قائمة التحقق للمحرر المساعد رقم 22. المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي 1986 ؛ 36: 573-576 [عرض المقالة]
- جاي إل ، إيتيما تي جيه جي . شعبة "تاك" الفائقة من العتائق وأصل حقيقيات النوى. تريندز ميكروبيول 2011 ؛ 19: 580-587 [عرض المقالة] [PubMed]
- ويليامز تي إيه ، فوستر بي جي ، كوكس سي جيه ، إمبلي تي إم . الأصل الأثري للكائنات حقيقية النوى يدعم وجود نطاقين رئيسيين فقط للحياة. نيتشر 2013 ؛ 504: 231-236 [عرض المقال] [PubMed]
- بودار م ، ماكاروفا ك س ، غراهام د إ ، وولف ي إ ، كونين إ ف وآخرون. رؤى حول تطور العتائق وتكافلها من جينومات نانوأركيون ومضيفه الكريناركي المُستنتج من بركة أوبسيديان، حديقة يلوستون الوطنية. بيول دايركت 2013 ؛ 8: 9 [عرض المقال] [PubMed]
- بيتيجان سي ، ديشامب بي ، لوبيز-غارسيا بي ، موريرا دي . تحديد أصل نطاق العتائق من خلال التحليل الجينومي التطوري يدعم تأسيس مملكة بروتيوأركيوتا الجديدة . Genome Biol Evol 2014 ؛ 7: 191-204 [عرض المقال] [ PubMed]
- بيكر بي جيه ، ساو جيه إتش ، ليند إيه إي ، لازار سي إس ، هينريشز كيه-يو وآخرون. الاستدلال الجينومي على استقلاب العتائق الجوفية العالمية ، هاديساركيا. نات ميكروبيول 2016 ؛ 1: 16002 [عرض المقالة] [PubMed]
- إيسر إس بي ، رالف جيه ، تشاو دبليو ، بريدل إم ، بليوكا جيه وآخرون. تعايش متوقع بوساطة تقنية كريسبر بين العتائق غير المستزرعة. نات ميكروبيول 2023 ؛ 8: 1619-1633 [عرض المقالة] [PubMed]
- جوليشينا أو في ، توششاكوف إس في ، ماكاروفا كانساس ، جافريلوف إس إن ، كورجينكوف إيه إيه وآخرون. تعتمد عتائق "ARMAN" على الارتباط مع مضيف حقيقي في الثقافة وفي الموقع. نات كومون 2017 ; 8: 60 [عرض المقال] [مجلات]
- ليو واي ، ماكاروفا كيه إس ، هوانغ دبليو سي ، وولف واي آي ، نيكولسكايا إيه إن وآخرون . تنوع متزايد لعتائق أسغارد وعلاقاتها مع حقيقيات النوى. نيتشر 2021 ؛ 593: 553-557 [عرض المقالة] [PubMed]
- رينك سي ، تشوفوشينا إم ، موسيج إيه جيه ، شوميل بي-إيه ، دافين إيه إيه وآخرون . تصنيف موحد للعتائق لقاعدة بيانات تصنيف الجينوم. نات ميكروبيول 2021 ؛ 6: 946-959 [عرض المقالة] [PubMed]
- سيتز كيه دبليو ، لازار سي إس ، هينريشز كيه يو ، تيسكي إيه بي ، بيكر بي جيه . إعادة بناء جينومية لشعبة أثرية رسوبية جديدة متفرعة بعمق، ذات مسارات لتكوين الأسيتات واختزال الكبريت. مجلة الجمعية الدولية لعلم الأحياء الدقيقة الجزيئية 2016 ؛ 10: 1696-1705 [عرض المقالة] [PubMed]
- سوروكين دي واي ، ماكاروفا كيه إس ، عباس بي ، فيرير إم ، غوليشين بي إن وآخرون. اكتشاف بكتيريا يوريكياركيا شديدة المحبة للملوحة والمختزلة للميثيل يُلقي الضوء على الأصل التطوري لعملية إنتاج الميثان. نات ميكروبيول 2017 ؛ 2: 17081 [عرض المقال] [PubMed]
- سبانج أ ، ساو جيه إتش ، يورجنسن إس إل ، زاريمبا-نييدزفيدزكا ك ، مارتين جيه وآخرون. العتائق المعقدة التي تسد الفجوة بين بدائيات النوى وحقيقيات النوى. طبيعة 2015 ; 521: 173– 179 [عرض المقال] [مجلات]
- ويليامز تي إيه ، زولوسي جي جي ، سبانغ إيه ، فوستر بي جي ، هيبس إس إي وآخرون. النمذجة التكاملية لتطور الجينات والجينوم تُرسّخ شجرة الحياة الأثرية. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية 2017 ؛ 114: E4602– E4611 [عرض المقالة] [PubMed]
- شي ر ، وانغ ي ، هوانغ د ، هو ج ، لي ل وآخرون. توسيع نطاق أعضاء أسغارد في نطاق العتائق يلقي ضوءًا جديدًا على أصل حقيقيات النوى. مجلة ساينس تشاينا لعلوم الحياة 2022 ؛ 65: 818-829 [عرض المقال] [PubMed]
- كاستيل سي جيه ، ورايتون كيه سي ، وتوماس بي سي ، وهوج إل إيه ، وبراون سي تي، وآخرون . التوسع الجينومي لنطاق العتائق يُسلط الضوء على أدوار الكائنات الحية من شعب جديدة في دورة الكربون اللاهوائية. مجلة علم الأحياء الحالي 2015 ؛ 25: 690-701 [عرض المقال] [PubMed]
- عواد م ، فلاندروا ج-ب ، جوفري ف ، غوي م ، غريبالدو س وآخرون. نهج فيلوجينومي قائم على مصفوفات فائقة للصفات يكشف المراحل المبكرة في تطور العتائق . BMC Ecol Evol 2022 ؛ 22: 1 [عرض المقال] [PubMed]
- آدم بي إس ، بوريل جي ، بروشييه-أرمانيه سي ، غريبالدو إس . شجرة العتائق المتنامية : منظورات جديدة حول تنوعها وتطورها وبيئتها. مجلة ISME 2017 ؛ 11: 2407-2425 [عرض المقال] [PubMed ]
- كاستيل سي جيه ، بانفيلد جيه إف . مجموعات ميكروبية جديدة رئيسية توسع التنوع وتغير فهمنا لشجرة الحياة. مجلة سيل 2018 ؛ 172: 1181-1197 [عرض المقال] [PubMed]
- دا كونها ف ، جايا م ، جاديل د ، ناصر أ ، فورتير ب . تُعدّ لوكياركيا من أقارب يوريكياركيوتا، ولا تُمثّل حلقة وصل بين بدائيات النوى وحقيقيات النوى. PLoS Genet 2017 ؛ 13: e1006810 [عرض المقال] [PubMed]
- دي أندا في ، تشن إل إكس ، دومبروفسكي إن ، هوا زي إس ، جيانغ إتش سي وآخرون. Brockarchaeota، وهي شعبة أثرية جديدة ذات مسارات فريدة ومتعددة الاستخدامات لركوب الكربون. نات كومون 2021 ; 12: 2404 [عرض المقال] [PubMed]
- دومبروفسكي ن ، ويليامز ت.أ ، صن ج ، وودكروفت ب.ج ، لي ج-هـ وآخرون. تُلقي أونديناركيوت الضوء على تطور DPANN وتأثير نقل الجينات على تطور العتائق. نات كوميون 2020 ؛ 11: 3939 [عرض المقالة] [PubMed]
- رينكه سي ، روبينو إف ، ميسر إل إف ، يوسف إن ، باركس دي إتش وآخرون. تحليل جينومي وتطوري بيئي للعتائق البحرية من المجموعة الثانية (Ca. Poseidoniales ord. nov.)، وهي رتبة جديدة وفيرة عالميًا. ISME J 2019 ؛ 13: 663-675 [عرض المقالة] [PubMed]
- وانغ واي ، ويغنر جي ، هو جي ، وانغ إف ، شياو إكس . توسيع نطاق استقلاب الألكانات اللاهوائي في نطاق العتائق. نات ميكروبيول 2019 ؛ 4: 595-602 [عرض المقالة] [PubMed]
- غاريتي جي إم ، هولت جي جي . الشعبة AII. شعبة Euryarchaeota الجديدة. في: بون دي آر ، كاستنهولز آر دبليو ، غاريتي جي إم ( محررون) . دليل بيرجي لعلم البكتيريا المنهجي: العتائق والبكتيريا المتفرعة بعمق والبكتيريا الضوئية ، الطبعة الثانية، المجلد 1. نيويورك: سبرينغر-فيرلاغ؛ 2001، الصفحات 211-355 .
- إلكينز جي جي ، بودار إم ، غراهام دي إي ، ماكاروفا كيه إس ، وولف واي وآخرون. يكشف جينوم كوراركيا عن رؤى جديدة حول تطور العتائق . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية 2008 ؛ 105: 8102-8107 [عرض المقالة] [PubMed]
- هوبر إتش ، هون إم جيه ، راشيل آر ، فوكس تي ، ويمر في سي وآخرون. شعبة جديدة من العتائق ممثلة بمتعايش نانوي الحجم محب للحرارة المفرطة. نيتشر 2002 ؛ 417: 63-67 [عرض المقالة] [PubMed]
- ديك جي جي ، بيكر بي جي . مناهج علم الجينوم في علم البيئة الميكروبية: رسم خريطة المجهول. مجلة ميكروب 2013 ؛ 8: 353-360 [عرض المقال]
- أورين أ ، جوكر م . قائمة كانديداتوس . قوائم بأسماء شعب كانديداتوس بدائية النواة . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري 2023 ؛ 73: 5821 [عرض المقالة] [PubMed]
- بروشييه-أرمانيه سي ، بوساو بي ، غريبالدو إس ، فورتير بي . كريناركيوتا المحبة للحرارة المعتدلة : اقتراح لشعبة أثرية ثالثة، وهي ثاوماركيوتا . نات ريف ميكروبيول 2008 ؛ 6: 245-252 [عرض المقالة] [ PubMed]
- غاريتي جي إم ، هولت جي جي . الشعبة الأولى أ. شعبة الكريناركيوت الجديدة. في: بون دي آر ، كاستنهولز آر دبليو ، غاريتي جي إم (محررون) . دليل بيرجي لعلم تصنيف البكتيريا: العتائق والبكتيريا المتفرعة بعمق والبكتيريا الضوئية ، الطبعة الثانية، المجلد 1. نيويورك: سبرينغر-فيرلاغ؛ 2001، الصفحات 169-210 .
- نونورا ت ، تاكاكي ي ، كاكوتا ج ، نيشي س ، سوغاهارا ج وآخرون. رؤى حول تطور أنظمة تعديل البروتين في العتائق وحقيقيات النوى ، كما كشف عنها جينوم مجموعة عتائقية جديدة. مجلة أبحاث الأحماض النووية 2011 ؛ 39: 3204-3223 [عرض المقال] [PubMed]
- لودفيج دبليو ، وكلينك إتش بي . نظرة عامة: هيكل تصنيفي وأساس تطوري لعلم تصنيف بدائيات النوى. في: بون دي آر ، وكاستنهولز آر دبليو ، وغاريتي جي إم ( محررون) . دليل بيرجي لعلم تصنيف البكتيريا ، الطبعة الثانية، المجلد 1. نيويورك : سبرينغر؛ 2001، الصفحات 213-235 [عرض المقال]
- كاتو إس ، إيتوه تي ، إينو تي ، أوكوما إم . نانوبديلا ايروبيوفيلا جين. نوفمبر، س. نوفمبر، وهو كائن قديم محب للحرارة، ومُلزم بتعايش خارجي، واقتراح عائلة Nanobdellaceae . نوفمبر، Nanobdellales ord. نوفمبر. وفئة النانوبديليا . نوفمبر. إنت J سيست إيفول ميكروبيول 2022 ؛ 72: 5489 [عرض المقال] [مجلات]